Baldomero Rubio cursó el bachillerato, de siete años entonces, en el Instituto Nacional de Enseñanza Media (INEM) de Baeza (Jaén). En la facultad de matemáticas de la Universidad Complutense de Madrid terminó los estudios de licenciatura en 1961. Continuó como ayudante en esta facultad, simultaneando su trabajo con varios cursos de formación como profesor. En 1965 ha sido catedrático en un INEM de Málaga, permaneciendo en esta situación durante dos cursos.
Vuelve a la Universidad Complutense en 1968 y obtiene el doctorado en 1971 con la dirección de Miguel de Guzmán, con quien ha tenido una gran amistad y colaboración hasta su muerte en 2004. Fruto de este trabajo común son varios libros para la educación matemática universitaria. Como becario Fulbright, en el curso 1974-75 es visiting fellow en Princeton University (New Jersey, USA). De vuelta a la Universidad Complutense continuó como catedrático hasta su jubilación en 2008, pasando entonces a la situación de Profesor Emérito.
En su etapa universitaria ha realizado por invitación varias estancias en universidades de Europa y de América. En particular, en julio y agosto de 1981 impartió un curso de doctorado en la Universidad de Buenos Aires.
Entre sus obras figuran artículos de investigación y textos para la docencia, entre los que se pueden destacar:
1. Integración: teoría y técnicas. Alhambra S.A. Madrid 1979. (coautor: Miguel de Guzmán).
2. Problemas, Conceptos y Métodos del Análisis Matemático. (Tres volúmenes). Ediciones Pirámide. Madrid 1991 a 1993 (coautor: Miguel de Guzmán).
3. Números y Convergencia. Editado por el autor. Madrid 2006.
4. Funciones de variable real. Editado por el autor. Madrid 2006.